CytoScape,cytoscape软件

1、cytoscape隐藏一部分边

在Cytoscape中，即使网络在生物学环境中是无向的，网络也可能仅包含有向边缘。 此外，如果通过合并来自不同来源的数据来编译网络，则一个网络可能包含有向边和无向边。 在上述情况下，NetworkAnalyzer需要用户输入如何解释边缘。

单击节点时，隐藏（折叠）链接的节点，并将removeElements保留在数组中。然后与node一起存储特定的名称空间。Cytoscape.js可以轻松的继承到网站或者Web应用中，实现交互的可视化图形。

因为基于jquery的无法在线上显示关系。最终选择了原生 cy = cytoscape({ ... ＂data(label)＂ }) .selector(edge)//边线样式 .css({ curve-style： bezier。

步骤如下：第一，安装***cytoscape***软件。 软件安装比较简单，这里就不展开赘述了。第二，把要画图的数据进行整理。

保存之后，我们就可以看除表头数据的行数，这个就是网络里节点的数目。表格中找到Degree列，这一列就是每个节点与其相关的节点数目，用Degree排个序，就可以找到核心节点了。

2、cytoscape图怎么保存能够再次进行修改

输入文件支持多种输入格式，可以保存工程文件，支持多种布局的方式，支持导出图像，样式可以做丰富的调整，智能的选择过滤。

导入网络、导入节点属性，可以更改。Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件。支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档。把数据转成这些文件，然后就可以在cytoscape里打开了。

打开原图，如下图：复制图层。根据背景所需要的颜色，把背景填充颜色，如绿色。

3、怎么更新cytoscape

1、首先这个软件是基于JAVA的一款多功能软件，在安装好相应版本的JAVA之后，安装的cytoscape才可以正常运行。

2、把数据转成这些文件，然后就可以在cytoscape里打开了。

3、首先在记事本中完成网络关系文本的构建，如下图所示。然后打开cytoscape软件，并导入该文本文件，File-Import-Network-File...，如下图所示。

4、再上面有个保存按钮，弹出保存框，保存数据到本地。保存之后，我们就可以看除表头数据的行数，这个就是网络里节点的数目。

5、cytoscape的读音是：英[satskp]，美[satskp]。

6、用python中的networkx包构建了多个网络，每个网络代表一个生物实验。然后我将这些网络导出为gml文件，以便在cytoscape中可视化并进行比较。在每个文件中，我有两个节点属性-即count和color。