bioconductor,Bioconductor怎么读

1、Bioconductor模块是什么

monocle是我们经常用的拟时序分析工具，可以使用bioconductor安装。目前已经更新到第3版本，monocle3安装有点麻烦，可以参考官网 https：//cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/ 。

数据处理的reshape2， dplyr；绘图的ggplot2；还有Bioconductor里的几千个包。不得不会。

这是单细胞分析中的非常常用的S4对象，里面包罗万象，但依然有据可循。那么它是如何组织的？存储了什么内容？这就是我们这次要探索的任务。

之后一个项目要做方法比较，又用回R，发现一些bioconductor上的包已经默认用parallel了。

2、【Bioconductor系列】利用Bioconductor包进行基因组变异位点注释_百度...

本工作流程着眼于17号染色体上Transient Receptor Potential Vanilloid (TRPV)基因家族的变异位点。

Granges是genomic ranges的简称，它是bioconductor中的R包存储genomic intervals的数据结构，快速且有效，是想要深入分析数据所必须掌握的。

Bioconductor就是一个基于R语言的、面向基因组信息分析的应用软件集合。

R语言 Bioconductor包的安装方法变更V9 Bioconductor提供了基因组大数据分析的工具，是开源的持续更新的项目。每年会有2次更新。

3、通过BiocManager下载安装ggplot2和DESeq2

1、DESeq2用来处理转录组数据。那么先来完成第一步：安装。传统方式安装 麻蛋，报错了！！为什么受伤的总是我。开启查阅资料模式，然后得到的结论是这个包的安装需要利用BiocConductor或者BiocManager。

2、如果因为网络的原因，不能上网，或者网络被公司的网管封了，那么会导致直接在R上无法安装ggplot2。可以采取下载下来安装ggplot2的包的方式。还有一种方式就是找另一台可以上网的机器，安装R，再安装ggplot2包。

3、根据warning信息，你的ggplot2安装没有成功。尝试重新安装，换镜像安装，或者线下安装。